Archäologen der Universität Wien unter der Leitung von Professor Dr. Wolfgang Neubauer, dem Direktor des Institutes, graben derzeit am Falkenstein auf den Spuren des Heiligen Wolfgang nach den Überresten der Klause, deren Hausrat, Speiseresten, Münzen und Devotionalien. Die archäologischen Funde lassen das tägliche Leben der Eremiten und Pilger wieder lebendig werden. Unter der Klause wurde ein bisher unbekannter Kellerraum entdeckt, in dem ein hölzernes Rohr bis heute Wasser führt, das aus der ursprünglich legendenhaft dem Bischof Wolfgang zugeschriebenen Quelle stammt. Dieses heilige Wasser wurde über Jahrhunderte von den Pilgern verehrt und begehrt. Mit Lasertechnik wurden die ausgegrabenen Fundamente dokumentiert und in der virtuellen Welt sichtbar und erfahrbar gemacht. Die Forschungsergebnisse vom Falkenstein bereichern die Salzburger Landesgeschichte um eine längst vergessene aber bedeutende Facette des christlichen Alltagslebens.

Im Jahre 2009 untersuchten Spezialisten des LBI ArchPro im Auftrag des Heimatkundlichen Museums von Sankt Gilgen, mit modernsten Bodenradargeräten den Untergrund auf der Lichtung unterhalb der  Kirche auf dem Falkenstein. Einem Röntgenbild vergleichbar wurden durch die Radargramme Fundamente im Boden am Computer sichtbar gemacht und die seit langem verfallene Klause wiederentdeckt. Nachdem alle schriftlichen und bildlichen Quellen zum Falkenstein gesammelt und von Historikern ausgewertet wurden, begannen 2011 Archäologen der Universität Wien mit Finanzmitteln des Heimatkundlichen Museums St. Gilgen, der Universität Wien, der Gemeinde St. Gilgen und zahlreicher privater Unterstützer eine archäologische Ausgrabung. Das Ziel des kurz vor dem Abschluss stehenden Grabungsprojektes ist es, die Lebensumstände der Einsiedler und Pilger zu ergründen, in dem die Überreste der Klause wieder freigelegt wurden und mehr Licht auf die historischen Hintergründe der Legenden um das Wirken des Heiligen Wolfgang  zu werfen, der im 10. Jahrhundert lebte und nach der Sage selbst einige Zeit als Eremit am Falkenstein verbracht haben soll.

Nach der Stiftung der Kirche im Jahr 1626 kam es im Zuge steigender Spenden der Wallfahrer zu dem Bedürfnis einer ständigen Betreuung des Falkensteins und der vorbeiziehenden Pilger. Aus diesem Grund wurde schon bald darauf die Errichtung einer Klause, in welcher bis zu zwei Laienbrüder gleichzeitig wohnten, bewilligt. Diese einfache Holzhütte, welche aus Abbildungen und anderen Quellen bereits bekannt gewesen war, diente über 150 Jahre lang als einfache Behausung und Ort der inneren Einkehr und wies mehrere Bauphasen auf. Sie wurde von insgesamt 12 Einsiedlern bewohnt, von welchen der erste ab 1659 auf dem Falkenstein lebte, und der letzte 1812 dort verstarb.

Die archäologischen Ausgrabungen belegen, dass das Leben der Einsiedler am Falkenstein wesentlich farbenfroher gewesen sein dürfte, als ursprünglich angenommen. Überraschend war für die Archäologen die ungemeine Bandbreite, Qualität und Üppigkeit an Hausrat und persönliche Gegenstände der Einsiedler die aufgrund der historischen Überlieferung weit einfacher gelebt haben sollen als es der archäologische Befund nun ans Tageslicht brachte. So fand man eine Unmenge an Fragmenten von tönernen Töpfen, Schalen, Tellern, Bechern, Tassen und Krügen oder von qualitätsvollen Flaschen und Krügen aus Glas sowie die Bruchstücke von mindestens zwei verschiedenen Kachelöfen, zusammengesetzt aus unterschiedlichen, grün glasierten Kacheln. Im Bereich der Klause wurden über 100 Münzen der Habsburger, aus dem Erzbistum Salzburg, Tirol, Bayern und aus verschiedenen süddeutschen Städten gefunden. Die Münzen sind zum Großteil aus Silber, die ältesten stammen aus dem frühen 17. Jahrhundert und belegen die Herkunft und Spendenfreudigkeit der jährlich bis zu 300 000 Pilger, die über den Falkenstein zogen.

Neben diversem Hausrat der Einsiedler fanden die Archäologen auch verschiedene persönliche Gegenstände der Eremiten wie Tabakpfeifen und Feuersteine der Feuerzeuge, eine Maultrommel und eine Knochenflöte, Knöpfe und Gürtelschnallen. Eine Besonderheit ist eine Taschensonnenuhr von 1682, Besitz des Fraters Wilhelm Buchberger (†1684), die zwar in seinem Nachlass aufscheint, aber die Erben wohl nie erreichte. Devotionalien, Erinnerungsstücke an die Wallfahrt, wurden nicht nur von Pilgern verloren, sondern auch vor Ort hergestellt und gegen Spenden ausgegeben. Davon zeugen verschiedene Perlen von Rosenkränzen, Gussformen für Kugeln und Drähte und sechs sogenannte "Wolfgangihackerl", Miniaturen der Axt, welche in späterer Zeit zum Attribut des Heiligen Wolfgang wurde und von den Pilgern besonders begehrt war.

Unerwartet und sensationell war jedoch die Entdeckung von zwei Kellerräumen unter der Klause, die völlig unbekannt waren. Diente der eine Gewölbekeller als Vorratskeller für ausgewählte Fleischstücke, Schmalz und andere Lebensmittel, hatte der zweite Keller eine einzigartige Funktion. Er war von der Küche aus begehbar und mit einer Falltür verschlossen, von der noch das steinerne Gegengewicht gefunden wurde. Über eine Wendeltreppe mit Holzstufen erreichte man ein kleines Gewölbe. In diesen Kellerraum mündete eine hölzerne Wasserleitung aus der Wasser in die sogenannten "Wolfgangiflascherl" für die Pilger abgefüllt wurde. Gespeist wird die Leitung wohl aus der ursprünglichen Quelle am Falkenstein, die der Legende nach vom Heiligen Wolfgang mit seinem Stab für seinen dürstenden Mitbruder aus dem Felsen geschlagen wurde.