Nach einer Lehre zum Bankkaufmann studierte Egon Schallmayer von 1973 bis 1979 an der Johann Wolfgang Goethe-Universität Frankfurt am Main Provinzialrömische Archäologie, Alte Geschichte, Vor- und Frühgeschichte, mittelalterliche Geschichte und Germanistik. Von 1979 bis 1995 war er, zuletzt als Oberkonservator, Gebietsreferent des Landesdenkmalamtes Baden-Württemberg für die Archäologische Denkmalpflege in Karlsruhe.

1995 wurde Schallmayer Direktor des Römerkastells Saalburg und war seit 2001 Landesarchäologe und damit zuständig für alle paläontologischen und archäologischen Bodendenkmäler in Hessen. Seit dem Wintersemester 1999/2000 ist Schallmayer auch Honorarprofessor an der Universität zu Köln. Als Saalburgdirektor forcierte er die Sanierung und den Ausbau des Römerkastells Saalburg mit zahlreichen neuen Gebäuden, das 2005 gemeinsam mit dem Obergermanisch-Raetischen Limes zum UNESCO-Welterbe ernannt wurde.

Bei seinem Amtsantritt als Hessischer Landesarchäologe begann Schallmayer die Bodendenkmalpflege und die damals hinzu gekommene museale Vermittlung sowie übergreifende Dienste neu zu strukturieren. Als Grundlage diente das 2001 von ihm vorgelegte Konzept "hessenARCHÄOLOGIE21", das die Hessische Landesregierung als Richtschnur der Neuordnung beschlossen hat und das seither stetig umgesetzt wird.

Auf seine Initiative wurde das Museum der Keltenwelt am Glauberg erbaut, das seit 2011 die sensationellen keltischen Funde vom Glauberg zeigt. Das Land Hessen entsprach damit seinem vorgelegten Konzept eines Dezentralen Archäologischen Landesmuseums, dass einzelne historische Epochen an ihrem authentischen Ort vorstellt. In diesem Rahmen ist es ihm 2012 zudem gelungen, für das Archäologische Freilichtmuseum Marburger Land vor den Toren der Universitätsstadt Marburg, das derzeit in die Realisierungsphase tritt, von der Landesregierung die notwendigen finanziellen Mittel zu erhalten.

Egon Schallmayer steht auch für die zum 1. April 2012 erfolgte Neuorganisation der Landesarchäologie. Angesichts der vielfältigen Tätigkeitsfelder der Behörde, darunter die Inventarisation, Prospektionen und Ausgrabungen, Betreuung und Durchführung von Großprojekten, Restaurierung, Fundverwaltung, Forschung, Publikationswesen sowie musealer Vermittlung, hat die Hessische Landesregierung der hessenARCHÄOLOGIE weitgehende Eigenständigkeit eingeräumt. Darüber hinaus wurde ihr durch die organisatorische Neuordnung auch die autonome inhaltliche Arbeit ohne Vorbehalte bestätigt.

Schallmayers Credo "Die Arbeit des Archäologen hört an keiner Zeitgrenze auf" spiegelt sich in den von ihm verfassten über 400 Beiträgen, Zeitschriftenartikeln und Monografien wieder, die seine herausragenden wissenschaftlichen Leistungen auf dem Gebiet der archäologischen und historischen Forschung unterstreichen.

1985 erhielt Schallmayer als erster Preisträger den ältesten Archäologiepreis Deutschlands, den Eduard-Anthes-Preis. 2005 erfolgte die Verleihung des Saalburg-Preises für Verdienste um die Geschichts- und Heimatpflege im Hochtaunuskreis. 2011 wurde er vom Land Hessen für seine Verdienste im kulturellen Leben des Landes Hessen mit der Goethe-Plakette geehrt.

Charakteristisch für den scheidenden Landesarchäologen ist sein offener, kooperativer Führungsstil. Er bot den Mitarbeiterinnen und Mitarbeitern stets die Möglichkeiten eigene Initiativen, Vermittlungs- und Forschungsprojekte durchzuführen und damit das breit gefächerte Spektrum der hessischen Landesarchäologie zu erweitern.