Der neuen Institution gehören außerdem das Stadt- und das Staatsarchiv Würzburg sowie das Archiv und die Bibliothek der Diözese an. Ihr gemeinsames Ziel ist es, die Zusammenarbeit zwischen den beteiligten Fächern zu intensivieren. Auch soll die Öffentlichkeit verstärkt über historische Projekte informiert werden.
Eine grundsätzliche Aufgabe sehen die Gründer in einer verstärkten Kooperation zwischen Universität und Region. Darum will das Zentrum auch die Aufarbeitung der historischen Vergangenheit Frankens fördern. Gleichzeitig ist das Zentrum bestrebt, die Entwicklung in Franken mit derjenigen in anderen europäischen Regionen historisch zu vergleichen. Fragen zu den Wechselbeziehungen zwischen den Regionen in Europa will das Zentrum für Geschichtswissenschaft regelmäßig bei Tagungen, Vorträgen und in Publikationen diskutieren.
Seitens der Universität gehören dem Zentrum derzeit sieben Professuren des Instituts für Geschichte an sowie die Professuren für Kunstgeschichte, Deutsche Philologie, Amerikanistik, Klassische Archäologie und Altorientalistik. Hinzu kommen drei historisch ausgerichtete Professuren aus der Katholisch-Theologischen Fakultät sowie die Medizingeschichte.
