Die Prussia-Sammlung (mit Funden ab ca. 3000 v. Chr.) wurde seit der Mitte des 19. Jahrhunderts zunächst durch eine Laien-Archäologengruppe aus Königsberg zusammengetragen. Die Mitglieder der 1844 gegründeten "Altertumsgesellschaft Prussia" wollten die archäologischen Quellen ihrer Vorfahren dokumentieren und damit zugleich ein Stück europäische Kulturgeschichte sichern. Aus dieser "Hobby-Archäologiesammlung" wurde bald eine der berühmtesten in Europa:
Sie umfasste 1945 rund 450.000 Gegenstände, darunter Waffen, Gebrauchsgegenstände und Schmuck, untergebracht im Königsberger Schloss.
Ein gutes Dutzend Kisten mit den Gegenständen der Schausammlung wurde verpackt und Richtung Westen gebracht. Heute wissen wir, dass der Transport nur bis zum Stadtrand von Königsberg kam.
Man versteckte die Kisten in der nach dem deutschen Kaiser Friedrich III. benannten Befestigungsanlage ("Fort III"). Nachdem die sowjetische Armee diese Anlage 1999 räumte, unternahmen Archäologen aus der Oblast Kaliningradskaya, die heute im Museum für Geschichte und Kunst beschäftigt sind, stichartige Proben im Fort III. Sie förderten bemerkenswerte Funde zu Tage: Reste der legendären Prussia-Sammlung, darunter Bronze-Fibeln, Porzellan, Schwertspitzen und Steinwerkzeuge - insgesamt rund 16.000 Gegenstände, später nochmals 8.000 Gegenstände.
Fachlich wurde das Museum durch das Schleswig-Holsteinische Landesmuseum für Archäologie unterstützt, die finanzielle Unterstützung leistete die ZEIT-Stiftung Ebelin und Gerd Bucerius.
