Joseph Maran studierte von 1976 bis 1985 Ur- und Frühgeschichte, Klassische Archäologie und Ethnologie an der Universität Heidelberg und wurde 1985 in Heidelberg mit dem Dissertationsthema "Die Keramik der mittleren Bronzezeit von der Pevkakia-Magula bei Volos, Thessalien" promoviert. Nach Beschäftigung als Wissenschaftlicher Mitarbeiter an den Universitäten Heidelberg und Marburg war er als Kustos am Institut für Vor- und Frühgeschichte der Universität Bonn tätig. 1995 habilitierte er sich dort mit dem Thema "Kulturwandel auf dem griechischen Festland und den Kykladen im späten 3. Jahrtausend v. Chr." 1996 wurde er als Professor für Ur- und Frühgeschichte an die Universität Heidelberg berufen. Seit 2005 ist er Mitglied der Zentraldirektion des Deutschen Archäologischen Instituts und wurde 2006 zum Mitglied der Heidelberger Akademie der Wissenschaften gewählt. An der Universität Heidelberg ist er Principal Investigator in dem Exzellenzcluster "Asia and Europe in a Global Context. Shifting Asymmetries in Cultural Flows".
Von seinen vielfältigen Grabungs- und Surveyaktivitäten sind vor allem das landschafts-archäologische Projekt im Becken von Phlious (Korinthia) sowie die Ausgrabungen in Tiryns zu nennen. Hier leitet er seit 1994 im Auftrag der Zentraldirektion des DAI die Ausgrabungen in der mykenischen Burg und Siedlung. Mit seiner Wahl gewinnt das DAI den derzeit renommiertesten Vertreter der ägäischen Bronzezeit, der die Grabung in Tiryns in den letzten acht Jahren zu einem weit ausstrahlenden, international vernetzten Forschungszentrum ausgebaut hat.