Anhand von Pollenanalysen konnten die Paläoökologen erkennen, dass das Klima sehr schnell trockener wurde.
Die Forscher erklären auch durch das rauher werdende Klima die Abnahme der Bevölkerung nach dem Zusammenbruch des Mayareiches. Die Paläoökologen aus Amsterdam konnten anhand der Pollen präzise das Klima rekonstruieren. Jede Pflanze hat ihre Bedingungen, unter der sie wachsen kann. Indem man die möglichen Wachstumsbedingungen jeder Pflanze in einem bestimmten Gebiet übereinander legt, entsteht ein präzises Bild des lokalen Klimas. In dem Gebiet, in dem die Maya lebten - im Süden Mexikos und Norden Guatemalas - entdeckten die Forscher, dass um das Jahr 1000 das Klima schnell trockener wurde, also etwa 100 Jahre nach dem Zusammenbruch des Mayareiches. Die Forscher vermuten, dass nach dem Ende des gut organisierten Reiches die Ackerbaugebiete nachhaltig zerstört wurden. Dies führte zu Erosion und damit auch zu einer Abnahme der Niederschlagsmenge.
In Peru konnten die Paläoökologen rekonstruieren, wie sich der Anbau von Mais und Getreide unter den verschiedenen Bevölkerungsgruppen ausbreitete. Bei bestimmten Völkern, die bei der Ankunft der Spanier als Jäger und Sammler lebten, konnte nachgewiesen werden, dass sie in der Vergangenheit über eine reiche Ackerbaukultur verfügten.