Die Grabung wurde durch das Institut für Ur- und Frühgeschichte und Archäologie des Mittelalters der Universität Tübingen durchgeführt. Die Auswertung der Grabung erfolgt im Rahmen einer Dissertation, bei der alle bisherigen archäologischen Untersuchungen im Klosterareal aufgearbeitet werden. Eine der zentralen Fragen der Grabung richtete sich an die Baugeschichte (Bauabfolge, Planänderungen etc.) von Kirche und Kloster, das ab 1183 von Prämonstratensern, ab 1190 von Zisterziensern bewohnt war. Im heutigen Fundamentbereich im Chor konnten Steine freigelegt werden, die so sorgfältig bearbeitet sind, dass sie vermutlich ursprünglich auf Sicht, also als aufgehendes Mauerwerk, geplant waren. In dieser frühen Planänderung könnte der erste Hinweis auf die Bautätigkeiten der Prämonstratenser vorliegen.
Vom 15. bis ins 18. Jahrhundert war die Klosterkirche auch ein wichtiger Ort für Bestattungen. Die genaue Lage der Gräber ist heute jedoch unbekannt. Aufschlussreich waren daher mindestens zwei Bestattungen, die in den Grabungsbereichen angeschnitten wurden, eine davon konnte fast vollständig freigelegt werden. Sie befand sich ca. zwei Meter vor dem Seitenaltar im südlichen Querhaus, lag mit überkreuzten Armen und dem Blick nach Osten in einem Holzsarg. Ganz außergewöhnlich waren die Beigaben: Zum einen ein in Leder gebundenes Buch, zum anderen ein Rosenkranz mit einem etwa sieben Zentimeter langen Bronzekreuz, beides hielt der Bestattete zwischen seinen Händen. Die Datierung ist derzeit noch nicht klar, es könnte sich entweder um eine spätmittelalterliche Bestattung des 15./16. Jahrhunderts handeln, oder aber um eine Person, die während der katholischen Interimszeit im 17. Jahrhundert in der Kirche beigesetzt wurde. Ein weiteres Grab konnte im Chor, mittig vor dem Altar, festgestellt werden. Hier wurde lediglich die Oberkante des Sarges erfasst und nicht weiter ausgegraben. Diese Stelle war ein überaus bevorzugter Bestattungsplatz und deshalb nur ausgewählten Persönlichkeiten wie einem Abt oder Prälaten vorbehalten.
Die Grabungen haben trotz der kleinen Ausschnitte viele spannende Befunde zutage gebracht, die Auskunft geben über die Baugeschichte und das Leben im ehemaligen Kloster Bebenhausen.
Die Grabungsergebnisse in der Kirche sowie im übrigen Klosterbereich wurden am Sonntag, 14. September 2008, beim Tag des offenen Denkmals von der örtlichen Grabungsleiterin, Frau Christina Vossler M. A., in mehreren Führungen vorgestellt. In weiteren Führungen präsentierten Herr Dipl.-Ing. Tilmann Riegler und Frau Dipl.-Ing. Katrin Schöbel Methoden und Ergebnisse der Bauforschung sowie Frau Dipl.-Rest. Luise Schreiber-Knaus Einzelheiten zur Restaurierung des „Calatrava-Bildes“ im Winterrefektorium.
