Die Bonner Kommission des Deutschen Archäologischen Instituts (DAI) und die Universität Bonn arbeiten in enger partnerschaftlicher Kooperation mit dem Archäologischen Institut der Mongolischen Akademie der Wissenschaften (MAW) und erzielen dabei erstaunliche Ergebnisse in den weitläufigen Stadtanlagen. "Du kannst", so das berühmte chinesische Wort eines Kanzlers des Reiches, "ein Reich vom Rücken des Pferdes aus erobern, indes es nicht vom Rücken des Pferdes verwalten." Die Stadt macht den Staat. Wie zur Bestätigung heißt es in der Karakorum-Inschrift von 1346: "Indem sie eine [Haupt]Stadt gründeten, schufen sie das Fundament zur Entstehung des Staates." Städtebau wird in der Folge zu einem tragenden Element der reichsmongolischen Staatsideologie, gestalthafter Ausdruck einer imperialen Vision.
Allein die Stadtanlage von Karabalgasun ist über 30 Quadratkilometer groß und wurde mithilfe eines hochmodernen Airborne Laser Scannings umfassend topografisch-archäologisch dokumentiert. Im sogenannten Palastbezirk von Karakorum ist der bisher älteste mongolische Stupatempel und der nach Amarbayasgalant größte buddhistische Tempelbau in der Mongolei ausgegraben worden. Auch konnte das hergebrachte Bild von Karakorum grundlegend revidiert werden. Die große, von seinem ersten Ausgräber Sergej Kiselev (1949) als Palast des Ögedei identifizierte Säulenhalle im Südwesten Karakorums ist nachweislich nicht der Palast, sondern ein großer buddhistischer Tempel des 13. und 14. Jahrhunderts. Der Palast hingegen lag vermutlich innerhalb des Klosters Erdene zuu – einem weiteren, von der Deutschen Forschungsgemeinschaft geförderten Projekt der Bonner Archäologen.
Auf Anregung der Mongolischen Akademie der Wissenschaften wurde 2007 in Ulan Bator eine eigene Forschungsstelle des Deutschen Archäologischen Instituts eingerichtet. Die der Kommission für Archäologie Außereuropäischer Kulturen des DAI (KAAK) angegliederte Forschungsstelle bietet zwei bis drei Wissenschaftlern Wohn- und Arbeitsmöglichkeiten für längere Forschungsaufenthalte und dient zugleich als Basisstation für laufende Expeditionen des DAI in der Mongolei.
Als weiteres sichtbares Zeichen der hervorragenden deutsch-mongolischen Kooperation wurde der langjährige Projektleiter und Leiter der Forschungsstelle Prof. Hans-Georg Hüttel im Januar diesen Jahres zum Auswärtigen Mitglied der Mongolischen Akademie der Wissenschaften ernannt – eine seltene Ehre und Wertschätzung eines ausländischen Wissenschaftlers. Die Ehrung erfolgte in Würdigung der Verdienste Hans-Georg Hüttels um die langjährige kulturelle Zusammenarbeit der beiden Länder und seiner erfolgreichen Tätigkeit in der Ausbildung junger mongolischer Wissenschaftler. Im Rahmen aller Projekte konnten dank großzügiger Unterstützung durch den Deutschen Akademischen Austausch Dienst (DAAD) seit Juli 2000 mongolische und deutsche Studenten in feldarchäologischen Praktika, in Vorlesungen und Übungen ausgebildet und das ausgegrabene Material bearbeitet werden.
In Anbetracht der ausgezeichneten wissenschaftlichen Ergebnisse und der guten Zusammenarbeit mit den mongolischen Partnern hat die Gerda-Henkel-Stiftung im Jahr 2011 eine Fortsetzung ihres Engagements in der Mongolei beschlossen und für deutsch-mongolische Projekte erneut Mittel in Höhe von 300.000 Euro zur Verfügung gestellt. Im Bereich Archäologie konzentriert sich die Förderung auf die Erforschung der altuigurischen Hauptstadt Karabalgasun. Unter der Leitung der KAAK wurden bereits in den Jahren 2009–2011 drei erste Grabungskampagnen durchgeführt. Darüber hinaus sind Gastaufenthalte mongolischer Wissenschaftler in Deutschland ein zentraler Bestandteil des Projekts.