Eine Befragung hat ergeben, dass das Museum am Bodensee ein sehr junges Publikum mit einem Schnitt von unter 40 Jahren hat. »Unter unseren Besuchern sind viele Familien, mehr Frauen als Männer und eine zunehmende Zahl an Mehrfachbesucher«, freut sich Museumsdirektor Prof. Gunter Schöbel über die Entwicklung. Auch bei den Gästen mit Handicap konnte das Museum einen Zuwachs verzeichnen. Neue Attraktionen wie das ARCHAEORAMA zum Welterbe »Pfahlbauten« schneiden besonders gut ab. Den stärksten Eindruck aber hinterlassen noch immer die Rekonstruktionen der Pfahlbauhäuser im Bodensee. Die Beliebtheit des Museums zeigen drei Auszeichnungen von 2016: Nach einer Befragung der Deutschen Zentrale für Tourismus (DZT) nimmt der Bodensee mit der Insel Mainau und den Pfahlbauten Rang 6 unter den 100 beliebtesten Reisezielen Deutschlands ein. Das Internetportal FamilyChecks, das jährlich die TOP-Ziele ausgewählt, zeichnete das Museum als besonders familienfreundlich aus. Die dritte Empfehlung wurde von der Tourismus Marketing Baden-Württemberg (TMBW) verliehen. Mit der Auszeichnung »familien-ferien« finden sich die Pfahlbauten im illustren Kreis von Freizeiteinrichtungen wie dem Europapark Rust.
2017 soll das Hauptaugenmerk auf der Stärkung ausländischer Reisegruppen liegen. Im Rahmen des Masterplans sind ein neuer Eingangsbereich und Räume für Museumsdidaktik geplant. Damit soll eine Stärkung der Schulgruppen im »außerschulischen Lernort Pfahlbauten« erreicht werden.
