Das Berliner Antike-Kolleg ist 2011 aus dem Exzellenzcluster Topoi hervorgegangen und nach wie vor mit diesem eng verzahnt. Es wird von allen Institutionen getragen, die sich in Berlin mit der Alten Welt beschäftigen: Beteiligt sind Freie Universität und Humboldt-Universität zu Berlin, die Berlin-Brandenburgische Akademie der Wissenschaften, das Deutsche Archäologische Institut, das Max-Planck-Institut für Wissenschaftsgeschichte und die Stiftung Preußischer Kulturbesitz. Das Zentrum umspannt unter anderem die Disziplinen Archäologie, Geschichtswissenschaft, Philologie und Philosophie; integriert sind auch Geo- und andere Naturwissenschaften.
Das 2012 eröffnete Archäologische Zentrum vereint die archäologischen Kompetenzen der Staatlichen Museen zu Berlin - Preußischer Kulturbesitz unter einem Dach. Es bietet damit eine interdisziplinäre Plattform für eigene Mitarbeiter sowie Wissenschaftler und Studierende aus dem In- und Ausland. Fünf archäologische Museen von Weltrang nutzen das Zentrum: das Ägyptische Museum und die Papyrussammlung, die Antikensammlung, das Museum für Islamische Kunst, das Museum für Vor- und Frühgeschichte und das Vorderasiatische Museum haben hier Büros, Arbeitsplätze für Wissenschaftler, Depots und Restaurierungswerkstätten. Außerdem haben das Zentralarchiv der Staatlichen Museen zu Berlin und die Archäologische Bibliothek der Kunstbibliothek hier ihren Sitz. Damit besteht eine einzigartige Infrastruktur für die Beschäftigung mit den Altertumswissenschaften, wie sie vom Berliner Antike-Kolleg betrieben wird.
Zu dem Kolleg gehört auch eine Graduiertenschule zur Doktorandenausbildung. Ein weiterer Bereich ist das Research Center of Ancient Studies, mit dem der internationale wissenschaftliche Austausch in Berlin gefördert werden soll. Der erste Fellow des Berliner Antike-Kollegs in diesem Jahr ist Prof. Dr. Orhan Bingöl von der Universität Ankara. Vom 1. März bis 31. Mai 2014 wird er sich mit der Grabungsgeschichte der antiken Stadt Magnesia in der heutigen Türkei beschäftigen; Berliner Archäologen hatten die Überreste der Stadt Anfang des zwanzigsten Jahrhunderts freigelegt. Orhan Bingöl, seit den 1980er Jahren selbst Grabungsleiter in Magnesia am Mäander, nutzt die Quellenbestände der am Berliner Antiker Kolleg beteiligten Institutionen: Tagebücher und Briefe der Archäologen sowie weitere wichtige zeitgeschichtliche Dokumente werden im Deutschen Archäologischen Institut aufbewahrt; weitere Quellen existieren in den Archivbeständen der Staatlichen Museen zu Berlin.
Das Berliner Antike Kolleg wird von einem aus drei Personen bestehenden Vorstand geleitet: Vorsitzender des Vorstands ist derzeit Prof. Dr. Dres. h. c. Christoph Markschies von der Humboldt-Universität zu Berlin. Seine Position übernimmt im April Prof. Dr. Eva Cancik-Kirschbaum von der Freien Universität. Weiteres Mitglied des Vorstands als Vertreter der außeruniversitären Einrichtungen ist der Präsident der Stiftung Preußischer Kulturbesitz Prof. Dr. Dr. h. c. mult. Hermann Parzinger. Geschäftsführerin der Einrichtung ist die promovierte Ägyptologin Henrike Simon.
