Von 1980 bis 1983 begann mit dem »Projekt Bodensee-Oberschwaben« nach langjährigem Forschungsstillstand eine Bestandaufnahme der Feuchtbodensiedlungen im baden-württembergischen Alpenvorland. Vor allem am Bodensee war der Einsatz von Tauchern unabdingbar, um die unter Wasser liegenden Bodendenkmale zu erforschen. Diese hatten seit ihrer Entdeckung Mitte des 19. Jahrhunderts zunehmend Schäden durch Erosion, Baumaßnahmen und Baggerungen zu verzeichnen.
Im Verlauf der nächsten Jahrzehnte wurde ein umfassendes Inventar der Moor- und Seeufersiedlungen Baden-Württembergs erstellt. Grabungen in den Pfahlbausiedlungen des Bodensees ebenso wie in Kleinseen und Mooren Oberschwabens sind die Grundlagen für umfangreiche Forschungsprojekte und zahlreiche Publikationen. Besonders gefährdete Bereiche konnten durch Abdeckungen geschützt werden. Der Schwerpunkt liegt am Bodensee. Hier werden neben den Pfahlbausiedlungen auch prähistorische Einbäume, historische Schiffswracks und Fischerei-Infrastruktur taucharchäologisch betreut. Im Frühjahr 2021 wurde der älteste Einbaum des Bodensees geborgen, was nur durch den Einsatz taucharchäologischer Methoden möglich war.
Der länderübergreifende Austausch mit den Kolleginnen und Kollegen rund um den Bodensee ist heute selbstverständlich, wie etwa zuletzt mit der Thurgauer Kantonsarchäologie bei der Untersuchung der Pfahlbaufundstelle Öhningen-Orkopf zwischen Öhningen und Eschenz.
Die in den 1980ern in Baden-Württemberg etablierte Taucharchäologie wird bis heute von Protagonisten der ersten Stunde im Auftrag des Fachgebiets Feuchtbodenarchäologie sowie des Site Managements der Welterbestätte »Prähistorische Pfahlbauten um die Alpen« des LAD betrieben und weiterentwickelt.
In den vergangenen 40 Jahren hat nicht nur die Taucharchäologie selbst Fortschritte in Bezug auf Ausrüstung, Methoden und Sicherheit gemacht, sondern auch die Grabungstechnik insgesamt. Dazu gehören auch Weiterentwicklungen wie die Dredge, einer Art »Unterwasser-Staubsauger«, der das Sediment während des Grabens in feinmaschigen Netzen auffängt, sodass auch kleinste Funde beim anschließenden Schlämmen noch vorhanden sind. Im Zusammenhang mit dem Erhalt und der Erforschung der Baden-württembergischen Pfahlbausiedlungen, die seit 2011 Teil der UNESCO Welterbestätte »Prähistorische Pfahlbauten um die Alpen« sind, sind die Erfahrung und die Expertise der Forschungstauchenden unerlässlich.
Auch im 21. Jahrhundert sind prähistorische Feuchtbodensiedlungen durch Umweltveränderungen, eingeschleppte Arten, Schiffsverkehr, Wellenschlag, intensive touristische Nutzung und nicht zuletzt Schatztaucherei gefährdet. Der Taucharchäologie wird deshalb auch in Zukunft die Aufgabe zufallen, dieses bedeutende Welterbe der Menschheit sowie alle anderen Bodendenkmale in den zahlreichen Gewässern des Landes zu überwachen, zu schützen und zu bewahren.