Da die Wandbilder übertüncht waren, blieben sie lange Zeit unsichtbar. Sie wurden erstmalig in den 1930er Jahren und dann in den 1980er Jahren freigelegt, jedoch ohne deren Alter und Bedeutung zu erkennen. Bei Restaurierungsmaßnahmen am Dachstuhl im Jahr 2009 stieß man auf nachweislich bauzeitliche Wandmalereien, was ein neues Licht auf die älteren Entdeckungen im Querhaus warf. Ein Restaurierungs- und Bauforschungsteam unter der Leitung des Bayerischen Landesamtes für Denkmalpflege konnte sie jetzt erstmalig untersuchen. Sie wurden dokumentiert, gereinigt und gesichert.
Trotz der stark in Mitleidenschaft gezogenen Farbflächen konnten zwei Szenen sowie Reste einer dritten identifiziert werden: Erhalten hat sich an der Ostwand die Hinrichtungsszene mit einem thronenden Herodes und der von seinen Jüngern beweinten Enthauptung des Täufers sowie an der Westwand die Grablegung. Die vermutlich an der Südwand angebrachten Szenen der Geburt und Namensgebung Johannes des Täufers wurden wohl bereits Mitte des 14. Jahrhunderts beim Bau des gotischen Südfensters zerstört. Kunsthistorisch weist das Dekorationssystem große Ähnlichkeiten zu der auf der UNESCO-Welterbe-Liste stehenden Georgskirche in Oberzell auf der Insel Reichenau auf.
Generalkonservator Prof. Dipl.-Ing. Mathias Pfeil, Leiter des Bayerischen Landesamtes für Denkmalpflege, erläutert: "Es handelt sich bei den entdeckten Wandmalereien um den neben Oberzell flächenmäßig größten bekannten Zyklus aus der Zeit um 1000 im deutschen Sprachraum." Auch Domkapitular Armin Zürn, Summus Custos des Doms, ist von den Forschungsergebnissen angetan: "Die neuen Erkenntnisse, besonders die Entdeckung der Johannesvita auf der Südseite nach St. Johannes hin, sind Nachweis für die großartige Gestaltung dieses geistlichen Ortes durch die Jahrhunderte."
Die Wandmalereien werden ausführlich ausgewertet. Im Dachraum sollen weitere Untersuchungen erfolgen. Für einen vollständigeren Überblick ist es wünschenswert, die Untersuchungen auf das nördliche Querhaus auszuweiten.
