In den wichtigsten seiner Forschungsprojekte spielten die Restaurierungswerkstätten des RGZM immer eine besondere Rolle. Ein Höhepunkt war sicherlich die Anfrage von Konrad Spindler, ob sich das RGZM am Forschungsprojekt zur Gletschermumie vom Hauslabjoch – dem "Ötzi" – beteiligen würde. Aber auch Projekte wie diejenigen zum Prunkgrab aus Strettweg mit dem berühmten Kultwagen, den Prunkgräbern von Kleinklein in der Steiermark, zum hallstattzeitlichen "Fürstengrab" von Kappel am Oberrhein oder zum eisenzeitlichen Gräberfeld von Wörgl in Tirol wären ohne die gebündelte Unterstützung durch die unterschiedlichen Werkstätten des RGZM so nicht möglich gewesen.

Daneben hat sich Markus Egg immer um die Förderung des wissenschaftlichen Nachwuchses gekümmert. Dies gilt für die Auszubildenden des Restaurierungsstudiengangs am RGZM genauso wie für junge Archäologinnen und Archäologen, für die oder mit denen zusammen er Drittmittelprojekte eingeworben hat. Darunter befinden sich große internationale Verbundprojekte wie das von der EU geförderte Projekt "Tomba", in dem zusammen mit mehreren europäischen Partnern eine Datenbank zu reichen Gräbern der Bronze- und älteren Eisenzeit in Europa aufgebaut wurde, aber in den letzten Jahren auch diverse von der Deutschen Forschungsgemeinschaft (DFG) und anderen Geldgebern – wie der Fritz Thyssen Stiftung – geförderte Forschungsprojekte. Insbesondere der mediterrane Raum lag ihm dabei am Herzen, der als Impulsgeber für die Zone nordwärts der Alpen eine wichtige Rolle spielte. Diese Projekte belegen seine hervorragende internationale Vernetzung, die zuletzt beispielsweise im Projekt zu den spektakulären Salzmumien aus Zanjān im Iran deutlich wurde.

Die breiten Forschungsinteressen und die weiträumig ausgelegten Projekte gehen einher mit seinem breit gefächerten Wissen, das nicht nur den nordalpinen Raum umfasst, sondern auch das Mediterraneum und den Vorderen Orient. Diese umfassenden Kenntnisse hat er sich nicht zuletzt bei der Konzeption der alten Dauerausstellung "Vorgeschichte" des RGZM in der "Steinhalle" erworben.

"Markus Egg kennt das RGZM aus langjähriger Erfahrung wie kaum ein zweiter“, sagte Univ.-Prof. Dr. Alexandra W. Busch, Generaldirektorin des RGZM, anlässlich seiner Verabschiedung. "Für uns war dieser Erfahrungsschatz gerade in den letzten Jahren sehr wertvoll, als wir uns der Vorbereitung des Umzugs und der Erfassung unserer reichhaltigen Sammlung annahmen. Bei wie vielen Stücken konnte er spontan das Objekt identifizieren und berichten, wie es ans Haus gekommen ist, welche restauratorischen Maßnahmen ergriffen wurden und vor allem was sich dahinter verbirgt! Deshalb hoffen wir sehr, dass sein Rat dem RGZM auch künftig erhalten bleiben möge, auch wenn sicherlich private Dinge – insbesondere die Enkelkinder – und seine Hobbys ab übermorgen eine größere Rolle als bislang spielen werden".

Der 1954 in Schwaz/Tirol geborene Markus Egg studierte an der Leopold-Franzens-Universität Innsbruck die Fächer Ur- und Frühgeschichte, Klassische Archäologie und Philosophie. 1977 promovierte er dort mit dem Thema "Negauer Helme". Mit noch nicht einmal 24 Jahren kam er nach abgeschlossener Promotion zunächst als wissenschaftlicher Volontär an das RGZM, um bereits ein halbes Jahr später ein von der Deutschen Forschungsgemeinschaft finanziertes Projekt zu »Italischen Helmen« durchzuführen. 1979 erfolgte die Festanstellung des 25-Jährigen.

1987 habilitierte Egg an der Leopold-Franzens-Universität Innsbruck und wurde dort 1997 zum außerordentlichen Professor berufen. Seit 2002 war Egg Direktor die Abteilung Vorgeschichte und leitete die Restaurierungswerkstätten und Laboratorien am RGZM. Egg war zudem maßgeblich daran beteiligt, dass 2007 der Studiengang "Archäologische Restaurierung" eingerichtet wurde.