Getragen wird das Berliner Antike-Kolleg von den sechs Institutionen, die seit 2007 im Exzellenzcluster Topoi zusammenarbeiten: Freie Universität Berlin, Humboldt-Universität zu Berlin, Berlin-Brandenburgische Akademie der Wissenschaften, Deutsches Archäologisches Institut, Max-Planck-Institut für Wissenschaftsgeschichte und Stiftung Preußischer Kulturbesitz schließen sich durch die Gründung des Kollegs zu einer langfristigen Kooperation in Forschung und Lehre zusammen.

Seit seiner Gründung im November 2007 stellt das Exzellenzcluster Topoi unter Beweis, welches Potenzial für die Erforschung der Alten Welt in der interdisziplinären Zusammenarbeit steckt: Archäologen und Philosophen, Philologen und Geographen, Historiker und Naturwissenschaftler untersuchen gemeinsam den Zusammenhang zwischen der Entwicklung von Raumordnungen und Wissen im Altertum. Dieses Erfolgsmodell einer fächerübergreifenden Kooperation zwischen den Institutionen soll durch das Berliner Antike-Kolleg in eine langfristige Struktur überführt werden und gleichzeitig Akzente für die weitere Arbeit des Exzellenzclusters setzen. Diese Strategie wurde bereits in der ursprünglichen Konzeption von Topoi formuliert und nach einer intensiven Evaluation des Clusters weiter konkretisiert und ausgestaltet.

Der Pluralität der Fragestellungen, Methoden und Fachdisziplinen wird von der Struktur der Graduiertenschule für altertumswissenschaftliche Studien Rechnung getragen. Die "Berlin Graduate School for Ancient Studies" (BerGSAS) bietet ab dem akademischen Jahr 2012/13 vier Programme für Promotionsstudien an, die gemeinsame Schwerpunkte und fachspezifische Erfordernisse miteinander verbinden. Die Programme sind aus den Graduiertengruppen des Exzellenzclusters hervorgegangen und haben die Themen: "Landschaft und Architektur", "Objektstudien und materielle Kultur", "Sprachen und Texte antiker Kulturen" und "Wissenschaftsgeschichte".

Das ebenfalls im Berliner Antike-Kolleg angesiedelte Forschungszentrum für altertumswissenschaftliche Studien hat bereits damit begonnen, neue Fragestellungen zu entwickeln und ein internationales Fellow-Programm für Gastwissenschaftler aufzubauen. Eine Forschergruppe zur Wissenschaftsgeschichte unter der Leitung von Liba Taub (Cambridge) wurde im März 2011 mit Mitteln der Einstein-Stiftung eingerichtet. Es ist geplant, das "Research Center for Ancient Studies" schrittweise zu erweitern und so den Wissenschaftsstandort Berlin langfristig als Zentrum der Erforschung der Alten Welt zu etablieren.

Die Erfassung, Auswertung und Speicherung von Daten stellt eine Herausforderung für viele Forschungsprojekte dar, die mit historischem Material arbeiten. Die bereits innerhalb des Exzellenzclusters Topoi eingesetzte Forschergruppe zur Entwicklung von nachhaltigen Strategien der Sicherung plattform-übergreifenden Nutzung digitaler Daten wird im Berliner Antike-Kolleg in eine dauerhafte Einrichtung überführt, die sich als Portal zur wissenschaftlichen Erschließung der Alten Welt versteht und das Berliner Antike-Kolleg in allen technischen Fragen unterstützt.