Ein Bombentreffer gegen Ende des 2. Weltkrieges zerstörte am 3. Februar 1945 große Teile dieses Monumentes. In den Folgejahren drang durch das nur notdürftig ausgebesserte Glasdach des Pergamonmuseums noch zusätzlich Wasser in das beschädigte Markttor ein und führte so zu weiteren Schäden. 1952 bis 1953 erfolgte dann unter den Zwängen und materiellen Beschränkungen der Nachkriegszeit der Wiederaufbau des Markttores von Milet. Im Zuge der planerischen Bestandserfassung zum Markttor hat sich nun herausgestellt, daß die Beseitigung dieser Kriegsschäden weder umfassend noch qualitätsgerecht bzw. dauerhaft erfolgt waren. Es bestand die Gefahr von sich lösenden Bauteilen, insbesondere in den oberen Giebelbereichen.

So begannen 2006 die restauratorischen Arbeiten. Dazu war es erforderlich, das Tor vom übrigen Raumbereich zu trennen, was die Herstellung einer durchsichtigen Wand aus Kunststoff erforderte sowie den Einbau einer Krananlage und einer eigenen Lüftungsanlage.

Die gefährlichen Bauteile in den oberen Giebelbereichen wurden abgebaut und in eine gesondert hergerichtete Restaurierungswerkstatt transportiert. Dort erfolgte die Reinigung, das Auseinandernehmen und das fachgerechte Wiederzusammensetzen unter Hinzufügen von Ergänzungen und Stützkonstruktionen. Nach erfolgter Restaurierung wurden diese Einzelteile zurück transportiert und lagegerecht wieder eingebaut. Diese Arbeiten fanden im Oktober 2008 ihren Abschluß.

Gleichzeitig mit diesem Wiederaufbau wurden unter Verwendung von Original-Depotbeständen von Kassettendeckenteilen diese zusammengefügt und gegen die vorhandenen Kassettendeckennachbildungen aus Beton ausgetauscht.

Das so erreichte Ergebnis ist in einer um drei Monate verkürzten Bearbeitungszeit entstanden. So wird das Markttor von Milet bis voraussichtlich 2020 für die Besucher zu sehen bleiben, bevor zu Beginn des 3. Bauabschnittes der Grundinstandsetzung und Ergänzung des Pergamonmuseums auch der Miletsaal geschlossen wird. Im Zuge der Bauarbeiten dieses 3. Bauabschnittes erfolgt dann auch die restauratorische Endbearbeitung der Oberflächen des Markttores von Milet.

Nach derzeitigem Planungs- und Entscheidungsstand lässt sich für die Grundinstandsetzung und Ergänzung des Pergamonmuseums erwarten, dass die Realisierung der Gesamtmaßnahme in drei Bauabschnitten erfolgen wird: vom Beginn der Ausführungsplanung Anfang 2009 bis zur kompletten Fertigstellung Ende 2027.