Daniel Schwemer hat von 1991 bis 1996 an den Universitäten Würzburg, Tübingen und Heidelberg Altorientalistik und Theologie studiert. Mit einer Arbeit über die Wettergottgestalten Mesopotamiens und Nordsyriens im Zeitalter der Keilschriftkulturen wurde er im Jahr 2000 an der Uni Würzburg promoviert. Ebenfalls in Würzburg legte er 2005 seine Habilitation vor: Schadenzauber in Mesopotamien. Quellen und Studien.

Nach Stationen als Wissenschaftlicher Assistent am Lehrstuhl für Altorientalistik der Uni Würzburg und einer Vertretungsprofessur an der Universität Heidelberg wechselte Schwemer Ende 2005 an die School of Oriental & African Studies, London. Dort ist er auch weiterhin Research Associate.